Yüksek İstişare Kurulu, Derneğin en üst danışma organıdır. Yüksek İstişare Kurulu oniki üyeden oluşur. Yüksek İstişare Kurulu Başkanı Genel Kurul ve/veya Yönetim Kurulu kararı ile iki yıllık bir süre için seçilir. Kurul yılda en az dört defa Kurul Başkanı'nın daveti ile toplanarak konularını müzakere eder ve tavsiye niteliğinde kararlara bağlar. Yüksek İstişare Kurulu toplantılarına gündemin özelliğine göre, Yasama, Yürütme, Yargı organlarının temsilcileri, sivil toplum örgütleri, kamu tüzel kişiliğini haiz meslek örgütleri ve akademik kurum mensupları görüş alışverişinde bulunulmak üzere Kurul Başkanı tarafından davet edilebilirler. Bu kişiler Kurul oylamasına katılamazlar. Kurulun başlıca görevleri: Türkiyedeki Bilişim, Ar-Ge, İnovasyon ve Girişimcilik Ekosistemlerinin genel gidişi ve sorunlarını gözden geçirmek, kısa, orta ve uzun vadeli çözüm önerileri oluşturmak, Dernek amaçlarına en uygun şekilde ulaşabilmek amacıyla hazırlanacak stratejileri değerlendirmek ve tavsiyelerde bulunmak, Dernek çalışmalarını amaçlara uygunluk ve yaygın etki yaratma açısından incelemek ve gerekli önlemleri tavsiye etmektir.